Povijest hotela Bonavia seže u 1845. godinu, kada je na tadašnjoj Via Clotilde, danas Ulici Dolac, otvorena mala oštarija. Godine 1885. na tom je mjestu Ignazio Bonetich sagradio historicističku trokatnicu, a dvije godine kasnije, 1887., u njoj je otvorena gostionica Bonavia (Trattoria alla Buona).
Tijekom 1906. godine, na današnji dan, prilikom proširenja prizemnih prozora, zgrada je prenamijenjena u hotel. Nakon Bonetića, vlasništvo se više puta mijenjalo, među vlasnicima su bili braća Nikola i Teodor Mateljan, Ferdinand Scala, Julio Ederer Burger i Paradeiser. Taj se datum smatra početkom djelovanja hotela Bonavia pod tim imenom.
Kasnijih desetljeća zgrada je više puta obnavljana i dograđivana: dodana su dva nova kata, prizemlje je obloženo kamenim pločama, a šezdesetih godina dvadesetog stoljeća provedena je opsežna adaptacija kojom je hotel dodatno proširen. U travnju 1965. godine nova Bonavia ponovno je otvorila vrata svojim prvim gostima.
