Kamen temeljac za izgradnju starog kapucinskog samostana i crkve sv. Augustina na Žabici postavljen je na današnji dan 1610. godine. Posveta crkve održana je 1613. godine, a obred je predvodio pulski biskup Claudio Sozomeno.
Prije početka gradnje, tirolski nadvojvoda Ferdinand (kasnije car Ferdinand II.) iskazao je spremnost da otkupi zemljište za novi samostan. Odabran je teren koji je tada pripadao starom augustinskom samostanu, a na njemu se nalazila i crkva sv. Augustina. Godine 1609. Ferdinand je zemljište darovao kapucinima, koji su potom dobili odobrenje Gradskog vijeća za izgradnju. Samostan su smjeli graditi isključivo uz pomoć dobrovoljnih priloga. Među prvim darovateljima bili su Riječani: Franjo Bardarini, Battista Urban, Matija Zaladia, Ascanio Jakominić, Andrija Španić, Bartol Kučić i Nikola Barčić. Tijekom narednih desetljeća samostan je svjedočio brojnim povijesnim zbivanjima. Godine 1703., kao odgovor na francuski napad na Rijeku, sagrađena je mala utvrda na obali ispred samostana. Reformske mjere cara Josipa II. dovele su 1788. do zatvaranja riječke zajednice augustinaca. U gradu su ostale samo benediktinke, kapucini i franjevci s Trsata. Tijekom britanskog bombardiranja 3. srpnja 1813., samostan je pretrpio teška oštećenja. Engleske trupe su pljačkale i palile, no zahvaljujući pregovorima Karoline Belinić, poznate kao Karolina Riječka, dio razaranja je spriječen. Englezi su se povukli prema Kraljevici 5. srpnja, a ubrzo nakon toga započela je obnova. U sklopu radova crkva je popločana klesanim kamenom, a podignut je i novi, raskošni glavni oltar.
Godine 1902. Gradsko vijeće donijelo je odluku o preseljenju kapucinskog reda na periferiju grada. Već 1904. srušena je stara crkva, kako bi se na istom mjestu izgradila nova – Kapucinska crkva Gospe Lurdske. Današnji izgled crkva je dobila 1935. godine.
