Povijest hotela Bonavia seže u 1845. godinu kada je na adresi Via Clotilde na broju 4, kasnije Via E. De Amicis 4, a danas ulica Dolac, otvorena gostionica pod imenom Trattoria alla Buona via. Taj početak, iako neizravno, ima dubok utjecaj na kasniju transformaciju u hotel Bonavia.
Godine 1885. na istom mjestu podignuta je stambena zgrada s tri kata. Naknadno, 1906., prilikom proširenja prozora u prizemlju, vjerojatno je došlo do prenamjene u hotel. Nakon prvog vlasnika, Ignacia Bonetića, hotel je promijenio vlasnike nekoliko puta, uključujući braću Nikolu i Teodora Mateljana, Ferdinanda Scalu, Julija Ederera Burgera i Paradeisera.
U razdoblju između dva svjetska rata, ekonomske prilike u Rijeci znatno su se promijenile, a Bonavia je ostao jedini značajan gradski hotel. Tridesetih godina prošlog stoljeća vlasnik hotela bio je Giovanni Pavella, koji je također bio naručitelj obnove i proširenja hotela. Postojalo je i idejno rješenje neboderske verzije hotela, ali nikad nije realizirano.
Stara zgrada Bonavie, izgrađena u historicističkom stilu, prošla je kroz temeljitu obnovu i proširenje. Dekoracije su uklonjene, dodana su dva kata, a u prizemlju su postavljene kamene obloge. Šezdesetih godina prošlog stoljeća provedena je još jedna adaptacija koja je rezultirala proširenjem hotela.
Nakon rata, vlasnik hotela Giovanni Pavella osuđen je za suradnju s fašističkim režimom, a hotel i ostala imovina su mu oduzeti. U poslijeratnom razdoblju Bonavia je ostao vodeći hotel u Rijeci. Velika adaptacija i proširenje hotela započeli su 1959. godine i trajali su šest godina.
Na današnji dan 1965., točno 6 godina nakon što su izrađeni projekti, nova Bonavia primila je prve goste. Još uvijek su trajali radovi na baru i u prizemlju zgrade.
Godine 1995. hotel je kupio biznismen Goran Štrok, a početkom ovog tisućljeća provedena je posljednja velika adaptacija hotela. Danas, hotel posluje pod imenom Hotel Bonavia Plava Laguna.
Zajedno s Continentalom, Bonavia je jedini hotel u Rijeci čija se priča proteže od 19. stoljeća do danas.
